元初，燕京之地刚刚从战火中平定下来，公元1222年重臣宣抚王檝向蒙古太宗窝阔台建议，将金朝城南的枢密院旧址改建成宣圣庙（孔庙），以便春、秋两季能有地方进行释奠礼，之后得到太宗应允。蒙古太宗窝阔台六年（公元1234年）攻灭大金，重臣王檝采纳道士冯志亨的建议又向太宗窝阔台建议在原金国枢密院旧址设立国子学并获得准许。这应是北京孔庙和国子监建设的最早萌芽。
公元1266年，登基即位的忽必烈命令开始兴建元朝新都，建都地点就选在金代的中都故地即现在的北京地区。负责元代新都整体规划的是刘秉忠，可以说刘秉忠是元大都的主要设计者，他还为忽必烈取《易经》“大哉乾元”句设计了新的年号“元”。刘秉忠规划新都城时参考儒家经典《周礼·考工记》后，“作都城画地，宫城之东为庙学基”。从那时起，孔庙和国子监就有了确切的规划位置。但是规划好的大都“庙学”在忽必烈朝没有立即动工修建，当时的“庙学”都修建在上都开平（今内蒙古锡林浩特市南面的正蓝旗）。
过了三十多年后，元大德三年（公元1299年）中书左丞相哈喇哈斯奏请元成宗铁穆尔筹建大都庙学，选名儒为官学，采近臣子弟入学。元成宗批准了这一奏请，却因种种原因一直拖延了四年没有开工。直到大德六年（公元1302年）六月，在哈喇哈斯的直接督促和指挥下，修建文宣王庙的工程才在京师正式动工。在建设孔庙的工程中有一位汉族官员在其中发挥了至关重要的组织管理作用，他就是贾驯。修建孔庙过程中，位任工部奉正大夫的贾驯“入理曹务，出营庙事”，不管风吹雨打还是烈日寒风，贾驯始终坚守在现场亲自组织指挥，具体到涂墙墁地、砍削梁材，他都亲自谋划、指点。终于在大德十年（公元前1306）八月，京师孔庙在忽必烈朝规划的“庙学”位置上终于建成。
修建京师孔庙的同时，御史中丞何玮对成宗皇帝提议说：古老的唐、虞几代部落和古国，国都所在地和居民的小巷都有学习的场所，现在既然孔庙已经盖成，最为适宜的是在它的西边营建一所太学为好。成宗铁穆尔也批准了何玮的提议。大德十年（公元1306年）正月，京师孔庙竣工前七个月，营建国子监的浩大工程也正式开工。历经三年终于在元武宗海山至大元年（公元1308年），南北方向两进院落、拥有数十间教室的国子监正式竣工。
从1267年设定规划“庙学”到最后的完全建成，历经世祖忽必烈、成宗铁穆尔、武宗海山三朝近41年之久。
北京孔庙
北京孔庙是中国元、明、清三朝祭祀孔子的场所,在北京东城区国子监街。元大德六年（1302）建，大德十年建成。明永乐九年（1411）重建。宣德、嘉靖、万历年间分别修缮大殿，添建崇圣祠，明嘉靖九年（公元1530年）建崇圣祠，用于供奉孔子五代先人。清光绪三十二年（公元1906年）扩建大成殿，孔庙始成今日的规模。清顺治、 雍正、 乾隆时又重修， 光绪三十二年（1906）升祭祀孔子为大祀，将正殿扩建。孔庙虽然经过历代重修， 但其结构基本上仍然保存元代风格。门内院落共有三进，中轴线上的建筑从南向北依次为大成门、大成殿、崇圣门及崇圣祠。有元、明、清三代的进士题名碑198 块，为研究中国古代科举制度的重要文献资料。孔庙从1928年起对外开放，供人游览。中华人民共和国建立后被列为市级文物保护单位，后为首都博物馆。
北京孔庙占地2.2万平方米。前有琉璃壁及下马碑，进门东西有碑亭、神厨、神库等，并立有元、明、清三代进士题名碑118 方，题刻历代进士5万多名。进大成门至第二进院，正殿名大成殿，为孔庙主体建筑，面阔9间，进深5间，黄琉璃筒瓦重檐庑殿顶，殿前月台三出陛，殿内供奉孔子及"四配"、"十二哲"。殿前有600余年树龄的古柏一株，名"除奸柏"，亦名"触奸柏"。有古井一口，清高宗赐名"砚水湖"。大成殿后有崇圣祠，自成院落，为祭祀孔子先祖之地。
历史悠久：已有700多年
孔庙采用了主体建筑沿中轴线分布，左右对称的中国传统建筑布局。在700多年的漫长历史中，这里成为元、明、清三代统治者尊孔崇儒，宣扬教化，主兴文脉的圣地，也成为众多志在功名的读书人顶礼膜拜的殿堂。这组比故宫还年代久远的皇家古建筑浓缩了千年儒家文化精髓，凝固了一段数百年的漫漫科举之路。徜徉在古柏参天、石碑林立、崇基高堂的孔庙里，远离都市的喧闹，触摸历史、文化的脉搏，以宁静淡泊的心去感受中华传统文化的博大精深，实在是件雅事。
建筑辉煌：凸显皇家气派
北京孔庙主体建筑都覆以黄色琉璃瓦，是封建社会的最高建筑规制。整座孔庙建筑布局科学，规模宏大，凸显皇家气派。
先师门（又称棂星门）是孔庙的大门，面阔三间，进深七檩，单檐歇山顶，基本上保留了元代的建筑风格，先师门两侧连接庙宇的外围墙，犹如一座城门。进入先师门，迎面看到的便是大成门。大成门创建于元代，清代重修，面阔五间，进深九檩，单檐歇山顶。整座建筑坐落在高大的砖石台基上，中间的御路石上高浮雕海水龙纹图样，五龙戏珠，栩栩如生。大成门前廊两侧摆放着10枚石鼓，每枚石鼓的鼓面上都篆刻一首上古游猎诗。这是清乾隆时仿公元前8世纪周宣王时代的石鼓遗物刻制的，那难辨的文字和深邃的诗意恐怕只有学识渊博的孔老夫子才能完全理解吧。第一进院落是皇帝祭孔前筹备各项事宜的场所，其东侧设有宰牲亭、井亭、神厨，用于祭孔三牲的宰杀、清洗和烹制。两侧有神库、致斋所用于祭孔礼器的存放和供品的备制。
第二进院落是孔庙的中心院落，每逢祭孔大典，这里便钟鼓齐鸣，乐舞升平，仪仗威严。大成殿是第二进院落的主体建筑，也是整座孔庙的中心建筑，是孔庙内最神圣的殿堂。大成殿始建于大德六年（公元1302年），后毁于战火，明永乐九年（公元1411年）重建，清光绪三十二年（公元1906年）将殿由7间扩建为9间。殿内金砖铺地，内顶施团龙井口天花，其规制是我国封建社会的最高建筑等级，堪与故宫太和殿媲美。殿中供奉孔子“大成至圣文宣王”木牌位，神位两边设有配享的“四配十二哲”牌位。神位前置祭案，上设尊、爵、卣、笾、豆等祭器均为清乾隆时的御制真品。大殿内外高悬清康熙至宣统9位皇帝的御匾，均是皇帝亲书的对孔子的四字赞语，是珍贵的文物。
孔庙的第三进院落最具特色，由崇圣门、崇圣殿和东西配殿组成独立完整的院落，与前二进院落分割明显而又过渡自然，反映出古人在建筑部局上的巧妙构思。这组建筑称为崇圣祠，是祭祀孔子五代先祖的家庙。建于明嘉靖九年（公元1530年），清乾隆二年（公元1737年）重修，并将灰瓦顶改为绿琉璃瓦顶。崇圣殿又称五代祠，面阔五间，进深七檩，殿前建有宽大的月台，月台三面建有垂带踏步各十级。殿内供奉孔子五代先人的牌位及配享的颜回、孔伋、曾参、孟轲四位先哲之父的牌位。东西配殿坐落在砖石台基上，面阔三间，进深五檩，单檐悬山顶，内奉程颐、程颢兄弟、张载、蔡沈、周敦颐、朱熹6位先儒之父。
三进院落及其建筑有明确的建筑等级差别和功能区域划分，和谐统一地组成一整套皇家祭祀性建筑群落，是我国古代建筑的杰出代表。
史料珍贵：众多名碑有记载
孔庙历经700多年的历史文化积淀，遗留下来弥足珍贵的文物，成为研究中国古代科举和孔子儒学的重要史料和实物。
在孔庙的第一进院落御路两侧分四部分树立着198座高大的进士题名碑，其中元代3座、明代77座、清代118座。这些进士题名碑上刻着元、明、清三代各科进士的姓名、籍贯、名次，共计51624人。在众多的进士当中有我们熟知的一些名人如张居正，于谦、徐光启，严嵩，纪昀、刘墉及近代名人刘春霖、沈钧儒等。穿梭在这片时间跨度达数百年的碑林中，轻抚旧貌斑驳的碑身，仰望碑面上已模糊的字迹，不免让人发出“江山代有才人出，各领风骚数百年”的感慨。
在孔庙与国子监（古代皇家大学）之间的夹道内，有一处由189座高大石碑组成的碑林。石碑上篆刻着儒家经典：《周易》、《尚书》、《诗经》、《周礼》、《仪礼》、《礼记》、《春秋左传》、《春秋公羊传》、《春秋谷梁传》、《论语》、《孝经》、《孟子》、《尔雅》。这部石经的蓝本是雍正年间的江苏金坛贡生蒋衡历时12年手书而成。乾隆五十六年（公元1791年）下旨刻石立碑。全部石经共计63万余字，规模宏大，楷法工整，内容的准确性和刻制的精美度都优于西安的“开成石经”，而在规模上也是仅次于西安碑林的全国第二大碑林。相传乾隆命和珅、王杰为总裁，彭元瑞、刘墉为副总裁来考订经稿。彭元瑞以宋元善本十三经核订蒋衡手书的经稿，并把俗体字均改为古体字，使经文更加完善规范，古意大增，受到乾隆赞赏，被授以太子太保衔。这使和珅嫉恨非凡，权倾朝野的他命人在一夜之间挖去石碑上全部改过的古体字。直到和珅垮台后，古体字迹才得以重新修复，至今碑面上还有一块块挖补的痕迹。
道的西侧有口古井。由青石板组成的花瓣形井台，石质井圈。由于坐落在德胜门、安定门内一带水线上，当年井水常溢到井口，水质清纯甘冽，相传进京赶考的举人们在拜谒孔子后都要饮一下井中圣水，据说饮后能文思泉涌，妙笔生花，写出一手好文章。而用井水磨墨，写出的字墨香四溢，笔劲流畅。故乾隆赐名“砚水湖”。虽然现在井中水位很低，也没有人饮用，但这口井雅致大气的名字及动人的传说，为孔庙增添了几分文采。
2005年4月北京孔庙开始了50年来的第一次大规模修缮，这次修缮以古建复原和维护为主，恢复清代的建筑规模和样式，宏伟大气的孔庙将再次重现人们面前。
国子监
北京国子监坐落在北京东城区安定门内国子监街（原名成贤街）15号，与孔庙相邻。国子监整体建筑坐北朝南，中轴线上分布着集贤门（大门）、太学门（二门）、琉璃牌坊、辟雍、彝伦堂、敬一亭。东西两侧有四厅六堂，构成传统的对称格局，是我国现存唯一一所古代中央公办大学建筑。
主要建筑
集贤门是国子监的大门，门内院子东西设有井亭，东侧的持敬门与孔庙相通。 进入国子监的第二门—太学门，就是国子监的第二进院落，里面有琉璃牌坊， 辟雍和彝伦堂。
琉璃牌坊
走过太学门，就是国子监二门内大型琉璃坊牌坊，它是北京唯一一座专门为教育而设立的牌坊。正反两面横额均为皇帝御题，是中国古代崇文重教的象征。位于集贤门内，是三间四柱七楼庑殿顶式琉璃牌坊，乾隆四十八年（1783年）。正面额书“圜桥教泽”，阴面为"学海节观"，彩画华美，是北京唯一不属于寺院的琉璃牌坊。
辟雍
国子监辟雍是国子监的中心建筑，建于中轴线中心一座圆形水池中央的四方高台上，是一座方型重檐攒尖顶殿宇。四面开门，设台阶六级。辟雍周围环绕著长廊，四面架设精致的小桥横跨水池使殿宇与院落相通，这种建筑形制象征着天圆地方。乾隆皇帝之后，每逢新帝即位，都要来此做一次讲学，以示中央政府对高等教育的重视。
六堂是位於辟雍左右两侧的33间房，合称为六堂，分别为：率性堂、诚心堂、崇志堂、修道堂、正义堂、广业堂，是贡生、监生们的教室。
彝伦堂
彝伦堂位于辟雍大殿以北，元代名为崇文阁，明代永乐年间予以重建并改名为彝伦堂，早年曾是皇帝讲学之处，兴建辟雍之后，则改为监内的藏书处。
敬一亭
敬一亭位于在彝伦堂之後，是国子监的第三进院落。建于明嘉靖七年，设有祭酒厢房和司业厢房和七座御制圣谕碑，是国子监祭酒办公的场所。
在孔庙与国子监之间的夹道内，有一处由189座高大石碑组成的碑林。石碑上篆刻着儒家经典：《周易》、《尚书》、《诗经》、《周礼》、《仪礼》、《礼记》、《春秋左传》、《春秋公羊传》、《春秋谷梁传》、《论语》、《孝经》、《孟子》、《尔雅》。这部石经的蓝本是雍正年间的江苏金坛贡生蒋衡历时12年手书而成。乾隆五十六年（公元1791年）下旨刻石立碑。全部石经共计63万余字，规模宏大，楷法工整，内容的准确性和刻制的精美度都优于西安的“开成石经”，而在规模上也是仅次于西安碑林的全国第二大碑林。相传乾隆命和珅、王杰为总裁，彭元瑞、刘墉为副总裁来考订经稿。彭元瑞以宋元善本十三经核订蒋衡手书的经稿，并把俗体字均改为古体字，使经文更加完善规范，古意大增，受到乾隆赞赏，被授以太子太保衔。这使和珅嫉恨非凡，权倾朝野的他命人在一夜之间挖去石碑上全部改过的古体字。直到和珅垮台后，古体字迹才得以重新修复，至今碑面上还有一块块挖补的痕迹
国子监第一任祭酒是元代著名理学家许衡，当时有学生200余人。在这里学习的学生叫“监生”，大致有三种来源：一是从全国各地秀才中选拔的正途监生，到此作进一步深造；二是外国留学生，大致来自高丽、逞逻、交趾、俄罗斯等；三是“捐监”，挂名监生，只要交足银子，就能领取“监照”，算是监生。
新中国成立后，国子监里开设为首都图书馆，首都博物馆则在孔庙内建立。随着首都图书馆与首都博物馆社会影响的提高，需要有良好硬件设施的现代化场馆来满足服务功能，北京市政府经过慎重研究，决定将二馆陆续迁出，于是“空”出了国子监与孔庙。孔庙与国子监修葺一新，合并成一个博物馆即现在的北京孔庙和国子监博物馆。